english   po polsku

Badania naukowe


Jednym zdaniem

Wykorzystuję techniki sztucznej inteligencji do rozwoju wiedzy
o strukturach białek, kwasów nukleinowych i ich roli w komórce.

image


Nieco szerzej

Zajmuję się bioinformatyką strukturalną (dotyczącą struktur molekularnych). Obecnie udoskonalam aplikację przewidującą i klasyfikującą oddziaływania w cząsteczkach RNA.

Inne główne problemy będące w obszarze moich zainteresowań, to:
- przewidywanie struktur trzeciorzędych RNA i białek
- przewidywanie interakcji wewnątrzcząsteczkowych
- przewidywanie oddziaływań: RNA-RNA, RNA-białko oraz białko-białko
- poszukiwanie miejsc wiążących
- przewidywanie celów dla cząstek miRNA i siRNA
- identyfikacja miejsc kodujących miRNA
- przewidywanie funkcji RNA i białek
- tworzenie i porównywane sieci metabolicznych.

Prace badawcze realizowane są w oparciu o rozmaite techniki uczenia maszynowego. Proponowane algorytmy są implementowane i kompleksowo testowane. Stworzone w wyniku prac użyteczne oprogramowanie zostanie udostępnione dla wszystkich zainteresowanych.

image


Projekty zrealizowane

Moje wdrożenia z lat ubiegłych związane były z automatycznym rozumieniem i analizą obrazów medycznych i biologicznych (diagnoza raka prostaty, identyfikacja patologicznych białek we krwi).

Diagnoza raka prostaty - diagnoza prowadzona była w oparciu o obraz perfuzyjnej tomografii komputerowej. Na podstawie serii obrazów pochodzących od rzeczywistych pacjentów, zaprojektowałem i zaimplementowałem sekwencję algorytmów pozwalających dla zadanego obrazu (wynik badania perfuzyjnej tomografii komputerowej) stwierdzić czy diagnozowany pacjent ma raka i w której części gruczołu jest on umiejscowiony.

image

Identyfikacja patologicznych białek we krwi - rozpoznawanie przebiegało w oparciu o dwuwymiarowy obraz pozyskany metodą dwukierunkowej elektroforezy (drugi rozdział z dodatkiem liganda wiążącego niektóre białka). Na podstawie serii obrazów i analizy widocznych na nich plam, zaprojektowałem i zaimplementowałem algorytm wykorzystujący technikę rozpoznania etapowego, który identyfikował widoczne na obrazie frakcje białkowe oraz określał procentowy udział każdej z nich w badanej próbce.

image


arrowPowrót na stronę główną

II UJmain page

http://jaceksmietanski.net            ©  Jacek Śmietański 2015

facebook researchgate linked in git-hub     Valid XHTML 1.0 Strict