english   po polsku

Bioinformatyka - seminarium

bioinformatyka - seminarium


Termin zajęć

wtorek, godz. 17.00-18.30, sala 1146


Plan prelekcji

7.03.2017
Ewelina Kurek

Visualizing RNA sequence and structure.

21.03.2017
Rafał Klimek

Computational recognition for long non-coding RNA (lncRNA): Software and databases

4.04.2017
Justyna Sasnal

The role of epigenetics in personalized medicine: challenges and opportunities.

11.04.2017
Michał Bakalarski

The structural bioinformatics library: modeling in biomolecular science and beyond.

25.04.2017
Magdalena Malczyk

"A computational method for studying the relation between alternative splicing and DNA methylation

9.05.2017
Krzysztof Borowy

Topology independent comparison of RNA 3D structures using the CLICK algorithm

16.05.2017
Oleh Hnashuk

Computational Methods for RNA Structure Validation and Improvement

23.05.2017
Monika Wiech

Ensembl 2017

30.05.2017
Katarzyna Iwanów

Prediction of human miRNA target genes using computationally reconstructed ancestral mammalian sequences

6.06.2017
Tomasz konieczek

RBPPred: predicting RNA-binding proteins from sequence using SVM

13.06.2017
Michał Wróbel


Seminarium w semestrze letnim 2016 / 2017

Seminarium poświęcone jest najnowszym osiągnięciom w dziedzinie bioinformatyki.

Seminarium przeznaczone jest dla osób mających co najmniej podstawową wiedzę bioinformatyczną (oczekiwane ukończenie co najmniej kursu wprowadzającego "Bioinformatyka" lub równoważnego), zainteresowanych pogłębianiem wiedzy w tej dziedzinie. Seminarium jest otwarte.

Prezentowane referaty bazują na artykułach naukowych opublikowanych w wiodących czasopismach bioinformatycznych.


Zaliczenie / oceny

Warunkami uzyskania zaliczenia są (łącznie):
- regularne (dopuszczalne są dwie nieusprawiedliwione nieobecności) oraz aktywne (dyskusja!) uczestnictwo w zajęciach,
- przygotowanie i wygłoszenie referatu na ustalony temat, w uzgodnionym terminie,
- udostępnienie prezentacji lub treści wystąpienia.

Szczegóły:
1. Obecnosci: dopuszczalne są dwie nieusprawiedliwione nieobecnosci bez żadnych konsekwencji. Większa liczba nieusprawiedliwionych nieobecnosci skutkuje obniżeniem oceny (o pół stopnia za każdą nieobecnosc ponad limit) lub otrzymaniem oceny niedostatecznej. Znaczne spóŹnienie się na zajęcia (więcej niż 15 minut) lub wyjscie przed czasem może być traktowane jako pół nieobecnosci lub pełna nieobecnosc.
2. Referat: termin oraz temat referatu należy ustalić w ciagu pierwszego tygodnia zajęć tj. najpóźniej do 7.03.2017, godz 18.30. Temat można wybrać z udostępnionej listy propozycji lub samodzielnie wyszukać interesujący artykuł. Wybrany artykuł musi być opublikowany nie wcześniej niż w 2013 roku. Nie można wybrać artykułu, który był już omawiany w ramach wczesniejszych edycji seminarium. O pierwszeństwie w wyborze decyduje kolejność zgłoszeń.
3. Referat powinien wyczerpująco przedstawiać wybrany temat. Prezentacje nadmiernie spłycające zagadnienie mogą nie zostać zaakceptowane. W szczegolności referat nie może trwać krócej niż 60 minut (jeżeli referat będzie zbyt krótki, student zostanie poproszony o przygotowanie referatu uzupełniającego). Jeżeli uważasz, że wybrany przez Ciebie artykuł nie zawiera wystarczająco dużo materiału, skontaktuj sie zawczasu z prowadzącym, który pomoże Ci rozplanować prelekcje lub wskaże literaturę uzupełniającą. Istnieje też możliwość omówienia dwóch lub większej liczby artykułów w ramach pojedynczej prelekcji.
4. Prezentacje przygotowywane są indywidualnie.
5. Przed prelekcją lub najpoźniej w ciągu tygodnia od dnia prelekcji, student jest zobowiązany przeslać mailem na mój adres prezentację (w formacie pdf), lub link do prezentacji udostępnionej on-line lub tekst referatu (w formacie pdf) lub film z nagraniem referatu. Niedopełnienie tego warunku oznaczać będzie brak zaliczenia (ocena 2.0), opóźnienie może być podstawą do obniżenia oceny. Proszę mieć na uwadze, że prezentacje/referaty zostaną udostępnione na stronie seminarium.
6. Ocena końcowa wyznaczana jest na podstawie oceny (1) referatu i prezentacji (70%) oraz (2) aktywnego uczestnictwa w dyskusjach (30%). Tak wyliczona ocena zostanie obniżona w przypadku nadmiernej liczby nieobecności, spoźnień lub niedopełnienia wymaganych terminów.
7. Aktywne uczestnictwo: merytoryczne wypowiedzi w dyskusji (pytania i komentarze) są punktowane (1 punkt na każde spotkanie). Liczba punktów przekłada się na składową oceny następująco: 0-1pkt = ndst, 2pkt = dst, 3pkt = +dst, 4pkt = db, 5pkt = +db, 6-12pkt = bdb
8. Zmiana terminu lub tematu prezentacji z przyczyn lezących po stronie studenta jest możliwa pod warunkiem odpowiednio wczesnego (z co najmniej tygodniowym wyprzedzeniem) uzgodnienia tego ze mną i ew. innymi zainteresowanymi (w przypadku zamiany terminów). Sytuacje nagłe (choroba, wypadek) uniemożliwiające przeprowadzenie prezentacji w ustalonym terminie, proszę w miare możliwości zgłaszać wcześniej. Związana z taką sytuacją losową utrata terminu prezentacji nie gwarantuje wyznaczenia nowego terminu (zamiast tego student może zostać poproszony o opracowanie referatu w formie pisemnej).

W czasie przygotowywania wystąpienia zachęcam do korzystania z możliwości konsultacji. Konsultacje w Instytucie odbywają się we wtorki bezpośrednio po zakończeniu seminarium. Istnieje też możliwość umówienia się na spotkanie w dowolny inny dzień (przed południem) na Prądniku Czerwonym (ul. Bora-Komorowskiego, biurowiec Quattro Five).



Prezentacje z poprzednich edycji


Jacek Śmietański, 3.10.2016
New Tools for RNA Analysis


Marcin Zięba, 2.06.2016
Lung cancer detection using image processing techniques


Tomasz Styczeń, 19.05.2016
Clinical assessment incorporating a personal genome


Tomasz Kowalczyk, 19.05.2016
Interfejsy mózg-komputer jako rozwiązanie dla osób niepełnosprawnych


Grzegorz Jaromin, 12.05.2016
RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data


Michał Sęk, 12.05.2016
Automated 3D RNA Structure Prediction Using the RNAComposer Method for Riboswitches


Artem Shubovych, 5.05.2016
RNAssess


Joanna Kanas, 5.05.2016
Udane zastosowanie kliniczne sekwencjonowania całego egzomu u dziecka z oporną chorobą zapalną jelit


Tomasz Milak, 28.04.2016
Crowdsourcing in biomedicine: challenges and opportunities (brak prezentacji)


Anna Szylak, 28.04.2016
Bioinformatic Game Theory and Its Application to Biological Affinity Networks


Marta Szynczewska, 21.04.2016
Modelowanie struktury trzeciorzędowej RNA za pomocą Rosetta


Kamil Malisz, 21.04.2016
RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures


Mateusz Zając, 14.04.2016
The SIB Swiss Institute of Bioinformatics’ resources: focus on curated databases (brak prezentacji)


Michał Wielgosz, 14.04.2016
PDBe: improved accessibility of macromolecular structure data from PDB and EMDB


Sandra Sobierajska, 7.04.2016
MultiSETTER: webserver for multiple RNA structure comparison


Magdalena Malczyk, 7.04.2016
Database resources of the National Center for Biotechnology Information


Rafał Szkotak, 17.03.2016
New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs


Anna Gawłowska, 10.03.2016
Recent Advances and Emerging Applications in Text and Data Mining for Biomedical Discovery


Paulina Kania, 3.03.2016
Community challenges in biomedical text mining over 10 years: success, failure and the future


Aleksandra Bajorek, 3.03.2016
Wzrost danych i integracja. Europejski Instytut Bioinformatyki


dr Jarosław Duda, 25.02.2016
Sekwencjonowanie, wyrównanie i kompresja DNA

Wprowadzę do zagadnień związanych z sekwencjonowaniem DNA. Zacznę od omówienia ważniejszych technik sekwencjonowania: Sanger, pyrosequencing, Illumina, PacBio, oraz ostatnio głośne nanopore sequencing. Potem krótko opowiem o bioinformatycznych technikach rekonstrukcji i wyrównywania sekwencji: algorytm Viterbiego, Needleman-Wunsch, seed-and-extend oraz niedawne metody wyrównywania oparte na transformacji Burrowsa-Wheelera. Na koniec powiem o środowisku: SAMTools oraz metodach użytych w jego dwóch ostatnich formatach kompresji danych: CRAM v2 (deflate) i v3 (o1 rANS)


Anna Gawłowska, 21.01.2016
The RNA world in the 21st century - a systems approach to finding non-coding keys to clinical questions


Krzysztof Kozłowski, Krzysztof Oleksy, 14.01.2016
MINT: software to identify motifs and short-range interactions in trajectories of nucleic acids


Adrian Mrowiec, 7.01.2016
ClaRNA: a classifier of contacts in RNA 3D structures based on a comparative analysis of various classification schemes


Marcin Zięba, Mateusz Zając, 17.12.2015
Computational Methods for RNA Structure Validation and Improvement


Tomasz Milak, 10.12.2015
Software for predicting the 3D structure of RNA molecules


Mateusz Bruno-Kamiński, Ewa Kułas, 3.12.2015
LigandRNA: computational predictor of RNA - ligand interactions


Izabela Orłowska, Dagmara Siatka, 19.11.2015
Computational modeling of RNA 3D structures, with the aid of experimental restraints


Ewelina Kurek, Katarzyna Iwanów, 5.11.2015
A review of computational tools in microRNA discovery


Rafał Szkotak, 29.10.2015
Przegląd algorytmów służących do analizy miejsc fosforylacji białek


Anna dobrowolska, 22.10.2015
RNAcentral: an international database of ncRNA sequences


Jacek Śmietański, 21.10.2015
Jajko czy kura? czyli gdzie dwóch się bije, tam trzeci korzysta


Konrad Kopciuch, 9.06.2015
Przewidywanie struktur trzeciorzędowych RNA


Paulina Kania, Rafał Klimek, 9.06.2015
NGS


Agnieszka Rakowska, 2.06.2015
Genomika Porównawcza


Filip Szewczyk, 26.05.2015
Algorytmy ewolucyjne


Katarzyna Łatkowska, 26.05.2015
Bioinformatyka w medycynie


Marcin Najgebauer, 19.05.2015
Bioinformatyka w projektowaniu leków - przykłady sukcesów i porażek


Aleksandra Bajorek, 19.05.2015
Analiza statystyczna danych biomedycznych


Rafał Gołębiowski, 5.05.2015
Komputer DNA


Bartosz Dec, 21.04.2015
Interfejs człowiek-komputer - bezpośrednia komunikacja mózgu z maszyną. Studium przypadków


Łukasz Krawczykowski, 31.03.2015
Genealogia genetyczna. Haplogrupy chromosomu Y i DNA mitochondrialnego.


Ariel Zakrzewski, 31.03.2015
Programowanie w DNA


Karolina Drabowska, 24.03.2015
Medyczne API dla systemu mobilnego iOS


Kamil Sienkiewicz, 10.03.2015
Medycyna Personalizowana


Maciej Galiniak, 10.03.2015
Projekty przetwarzania rozproszonego


Rafał Szkotak, 3.03.2015
Analiza TLR


Jacek Śmietański, 17.11.2014
Ebola

Agnieszka Pająk, 3.11.2014
Modele systemu nerwowego i narządów zmysłów


Konrad Kopciuch, 27.10.2014
Algorytmy genetyczne i ich zastosowanie w dopasowaniu wielosekwencyjnym


Anna Dobrowolska, 14.10.2014
Proteomics Data Collection (ProDaC): Publishing and Collecting Proteomics Data Sets in Public Repositories Using Standard Formats


Damian Gałka, 17.01.2014
Brain-Computer Interface w kontekście bioinformatyki oraz inżynierii biomedycznej


Kamil Sienkiewicz, 13.12.2013
Dane biometryczne i urządzenia mobilne


Michalina Hansdorfer, 6.12.2013
Eksperymenty Człowieka - Cyborga


Izabela Orłowska, 29.11.2013
Protein Data Bank


Jacek Śmietański, 20.04.2013
Bioinformatyczne teRNApie genowe


Ewa Matczyńska, 14.01.2013
Analiza danych epigenetycznych


arrowDydaktyka
arrowStrona główna

II UJmain page

http://jaceksmietanski.net            ©  Jacek Śmietański 2015

facebook researchgate linked in git-hub     Valid XHTML 1.0 Strict