no english   po polsku

Bioinformatyka strukturalna


Termin zajęć:

Wykład: czwartek 16.15 - 17.45, sala 1177
Laboratorium: czwartek 18.00 - 19.30, sala 0013


Opis przedmiotu

Struktury molekularne - białek i RNA pełnią kluczową rolę w metabolizmie komórki, W szczególnosci znaczenie tych ostatnich okazuje się być o wiele większe niż sądzono jeszcze kilkanascia lat temu. Uczestnicy kursu bedą mieli możliwość zaznajomienia się z metodami badania RNA, najważniejszymi bazami danych, narzędziami do analizy oraz wyzwaniami stojącymi przed badaczami struktur RNA.

Przedmiot dedykowany jest dla studentów 3 roku bioinformatyki, jednak prawo do realizacji kursu mają wszyscy studenci (warunkiem jest znajomość podstaw bioinformatyki, np. ukończenie kursu "bioinformatyka" oraz umiejętność programowania). Obowiązującym na zajęciach językiem programowania jest Python w wersji 3.5.
W kursie uczestniczyć mogą również studenci spoza naszego wydziału i spoza UJ (ewentualnych zainteresowanych proszę o bezpośredni kontakt ze mną).


Tematy wykładów

1. Klasyfikacja RNA
2. Bazy danych struktur RNA
3. Struktury drugorzędowe
4. Przewidywanie struktur drugorzędowych
5. Oddziaływania niekanoniczne
6. Przewidywanie struktur trzeciorzędowych (1)
7. Przewidywanie struktur trzeciorzędowych (2)
8. Motywy
9. Modyfikacje potranskrypcyjne
10. Oddziaływania międzycząsteczkowe
11. miRNA
12. Badanie funkcji RNA
13. Szlaki metaboliczne
14. Otwarte wyzwania


Zasady zaliczenia

Skladowe punktacji: 40+ pkt: laboratoria, 40 pkt: projekt, 20 pkt: część teoretyczna egzaminu
Laboratoria:
- na każdym spotkaniu można otrzymać no najmniej 3 pkt
- specyfikacja w materiałach do poszczególnych laboratoriów
Projekt:
- temat wybieramy z listy udostepnionej przez wykładowcę
- implementacja: python 3 (algorytm, testy, dokumentacja)
- uaktualniane na bieżąco repozytorium
- obowiązkowe konsultacje w trakcie realizacji
- obrona w sesji na prawach egzaminu
Aby uzyskać zaliczenie przedmiotu, konieczne jest wykonanie oraz pozytywna obrona projektu oraz otrzymanie łącznie ze wszystkich składowych (laboratoria, projekt, egzamin) co najmniej 51 pkt.

Szczegółowe zasady zaliczenia dostępne są na forum na Pegazie.


Materiały

Materiały dydaktyczne będą udostępniane na bieżąco.

arrowZasady zaliczenia
arrowTematy projektów do wyboru
arrowWykład 1 - klasyfikacja
arrowLaboratorium 1 - biopython
arrowWykład 2 - bazy danych
arrowLaboratorium 2 - PDB
arrowWykład 3 - struktury drugorzędowe
arrowLaboratorium 3 - struktury drugorzędowe
arrowWykład 4 - przewidywanie struktur drugorzędowych
arrowLaboratorium 4 - struktury drugorzędowe, c.d.
arrowWykład 5 - oddziaływania niekanoniczne
arrowLaboratorium 5 - przewidywanie struktur drugorzędowych
arrowWykład 6 - modelowanie struktur przestrzennych (1)
arrowLaboratorium 6 - oddzialywania niekanoniczne
arrowWykład 7 - modelowanie struktur przestrzennych (2)
arrowLaboratorium 7 - modelowanie struktur
arrowWykład 8 - motywy strukturalne
arrowLaboratorium 8 - oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe
arrowLaboratorium 9 - miary jakości modelu
arrowWykład 10 - oddziaływania
arrowLaboratorium 10 - motywy strukturalne
arrowWykład 11 - miRNA
arrowLaboratorium 11 - modyfikacje
arrowLaboratorium 12 - oddziaływania
arrowWykład 12 - lncRNA


Linki zewnętrzne

Odnośniki do materiałów i narzędzi zlokalizowanych na serwerach zewnętrznych:

linkPDB
linkPython
linkNumPy - biblioteka do obliczeń numerycznych
linkBiopython - strona główna projektu
linkBiopython - tutorial


arrowDydaktyka
arrowStrona główna

II UJmain page

http://jaceksmietanski.net            ©  Jacek Śmietański 2015

facebook researchgate linked in git-hub     Valid XHTML 1.0 Strict